ふるさと納税とNISA・株の売却益｜非課税の利益は上限額に影響しない、特定口座は申告するかで変わる
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NISA口座の利益は、ふるさと納税の上限額に影響しません。NISA口座の配当や売却益は非課税で、上限額のもとになる住民税の計算に入らないためです。NISA口座で損失が出た場合も、上限額は変わりません。
この記事では、国税庁・総務省・区役所の説明をもとに、NISA口座と特定口座で上限額への影響がどう違うかを整理します。記載の内容は2026年9月26日に確認したものです。
上限額は住民税所得割額で決まる
ふるさと納税のうち住民税から引かれる「特例分」は、住民税所得割額の2割が上限です（総務省）。住民税所得割額は、税金がかかる所得をもとに計算されます。そのため、税金がかからない所得は上限額に関係しません。
NISA口座の利益は非課税
国税庁のタックスアンサーNo.1535によると、NISA口座（非課税口座）で持つ上場株式等の配当等や、売却による譲渡益は非課税です。年間の投資枠は、つみたて投資枠が120万円、成長投資枠が240万円です。非課税で持てる上限（非課税保有限度額）は1,800万円で、そのうち成長投資枠は1,200万円までです。
非課税の利益は住民税所得割額の計算に入らないので、NISA口座でいくら利益が出ても、ふるさと納税の上限額は変わりません。
配当金の受け取り方には注意が必要です。非課税になる配当等は、NISA口座を開いた証券会社などを通して受け取るもの（株式数比例配分方式を選んだもの）に限られます（国税庁 No.1535）。それ以外の受け取り方では配当に税金がかかります。
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特定口座（源泉徴収あり）との違い
| NISA口座 | 特定口座（源泉徴収あり） | |
|---|---|---|
| 配当・売却益への税金 | かからない | かかる（口座の中で源泉徴収される） |
| 確定申告 | 申告する利益がない | 申告しないことも、申告することも選べる |
| ふるさと納税の上限額 | 影響しない | 申告しなければ影響しない。申告すると住民税の計算に入り、上限額が上がる |
源泉徴収ありの特定口座の売却益は、確定申告をしないことを選べます（国税庁 No.1476）。令和6年度（令和5年分）からは、住民税の課税方式は所得税と同じになりました（東京都北区）。確定申告で配当や売却益を申告すると、住民税の合計所得金額にも入ります。上限額は上がりますが、配偶者控除・扶養控除や国民健康保険料などに影響することがあります。
NISA口座で損失が出たとき
NISA口座で上場株式等を売って出た損失は、税金の計算では「ないもの」とみなされます。特定口座や一般口座の配当・売却益と差し引きする損益通算や、翌年以降への繰越控除はできません（国税庁 No.1535）。そのため、NISA口座の損失で住民税の所得が減ることはなく、ふるさと納税の上限額も下がりません。
上限額を確かめる方法
- 年収と家族構成から目安を出す：
さとふるの控除上限額シミュレーション。NISA口座の利益は入力しなくてかまいません
- 住民税決定通知書の所得割額から計算する：上限額計算ツール
iDeCoは、NISAと違って掛金の全額が所得控除（小規模企業共済等掛金控除）になるため、上限額が下がります（国税庁 No.1135）。仕組みはiDeCoをやっている人のふるさと納税にまとめています。
出典
- 国税庁 タックスアンサー No.1535 NISA制度（令和8年4月1日現在法令等）：非課税の範囲、投資枠と非課税保有限度額、配当の受け取り方、損失の扱い。2026年9月26日確認
- 国税庁 タックスアンサー No.1476 特定口座制度（令和8年4月1日現在法令等）：源泉徴収口座の売却益を申告不要にできること。2026年9月26日確認
- 東京都北区 令和6年度より上場株式等の配当所得等及び譲渡所得等について所得税と異なる課税方式を選択することが出来なくなりました：住民税の課税方式、申告したときの影響。2026年9月26日確認
- 総務省 ふるさと納税ポータルサイト 税金の控除について：住民税の特例分の上限（住民税所得割額の2割）。2026年9月26日確認
- 国税庁 タックスアンサー No.1135 小規模企業共済等掛金控除（令和8年4月1日現在法令等）：iDeCo（個人型年金加入者掛金）が控除の対象で、掛金の全額が控除されること。2026年9月26日確認
本記事は税の仕組みを整理したものです。具体的な税額は、お住まいの市区町村または税務署で確認してください。
