指定を受けていない自治体にふるさと納税をしたら控除はどうなる？特例控除がなくなり1万円で戻るのは約2,400円｜総務省の指定制度（3つの基準・2026年10月〜2027年9月の指定）と寄附前の確かめ方

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ふるさと納税は「どの自治体に寄附しても控除される」と思われがちですが、正確には違います。2019年6月から、総務大臣が指定した自治体への寄附だけが「特例控除」の対象になる仕組み（指定制度）になっていて、指定を受けていない自治体に寄附すると、控除の大部分を占める特例分がなくなります。2026年10月1日からは新しい1年間の指定が始まり、総務省は2026年9月25日に対象の団体を告示しました。この記事では、2026年10月5日に総務省の資料で確認した内容にもとづき、指定を受けていない自治体に寄附したら控除がどうなるかと、寄附の前に確かめる方法を整理します。

結論：指定外の自治体への寄附は「特例控除なし」、戻るのは2割強

総務省のふるさと納税ポータルサイトの「指定制度について」には、指定対象外の団体に支出された寄附金は「特例控除の対象外となります」と書かれています。特例控除がなくなっても、都道府県・市区町村への寄附であることは変わらないので、所得税の寄附金控除と住民税の基本分（10%）は残ります。

金額で見ると、所得税率20%の人が1万円を寄附した場合、指定を受けた自治体なら8,000円が戻るのに対し、指定外の自治体では所得税の控除（8,000円×20.42%＝約1,634円）と住民税の基本分（8,000円×10%＝800円）の合計約2,434円しか戻りません。この差は、赤十字や認定NPO法人への寄附と同じ構造です（寄附金控除の違いの記事）。

指定を受けた自治体の返礼品は、ポータルサイトで探せます。上限額を確かめてから選んでください。
さとふるで返礼品を見る

指定制度のしくみ：3つの基準と1年ごとの指定

指定制度は2019年6月1日に始まりました。総務省の説明では、総務大臣が指定する基準は次の3つです。

1つめは、寄附金の募集を適正に実施する地方団体であること。2つめは、返礼品を送る場合は返礼割合を3割以下とすること（3割ルール）。3つめは、返礼品を地場産品とすること（地場産品基準）です。

指定は1年ごとに更新されます。総務省の2026年9月25日の報道資料では、2026年10月1日から2027年9月30日までの1年間の指定が告示されています。自治体は毎年、申出をして基準に合っていることを示す必要があり、申出をしなかった団体と、基準に合わないと判断された団体は指定されません。

指定を受けていない自治体はどこか

指定を受けていない団体には、2つの種類があります。ひとつは制度に参加していない団体で、申出をしていない東京都などがこれにあたります。もうひとつは指定を取り消された団体です。総務省は2025年9月26日の報道資料で、岡山県総社市・佐賀県みやき町・長崎県雲仙市・熊本県山都町の4団体の指定を取り消し、2025年9月30日に告示を施行しました。

2026年10月以降の指定団体数と、指定されていない団体の一覧は1,781自治体が参加継続の記事にまとめています。このほか、長野県須坂市と岡山県吉備中央町も2025年6月17日に指定を取り消されています。2026年3月31日までに指定を取り消された団体は、取消しの日から2年を経過する日の属する月に1回だけ、指定の申出ができます（総務省の通知「ふるさと納税に係る指定制度の運用について」2026年6月26日）。

寄附の前に確かめる方法

いちばん確実なのは、総務省のふるさと納税ポータルサイトに載っている指定団体の一覧（告示の別紙）で、寄附したい自治体の名前があるかを見ることです。ポータルサイトに載っている自治体でも、指定の有無はポータルサイトではなく総務省の告示で決まるので、迷ったときは総務省の一覧で確かめてください。

注意したいのは、寄附した日が基準になることです。総務省の説明では、指定制度は「6月1日以後に支出された寄附金について適用」とされており、指定の取消しがあった場合も、取消しの施行日以後に支出した寄附が対象外になります。すでに寄附を済ませた分は、その時点で指定を受けていた団体への寄附なので、あとから指定が取り消されても控除は変わりません。

自治体の公式サイトから直接申し込む場合は、その自治体のふるさと納税のページに「総務大臣の指定を受けている」旨や、指定制度についての案内があるかを見てください。記載が見つからないときは、自治体のふるさと納税担当に電話で確かめるのが確実です。

まとめ

ふるさと納税の特例控除は、総務大臣が指定した自治体への寄附だけが対象です。指定を受けていない自治体に寄附すると、所得税の寄附金控除と住民税の基本分は残りますが特例分がなくなり、1万円の寄附で戻るのは約2,434円（所得税率20%の場合）です。指定は3つの基準（募集の適正・返礼割合3割以下・地場産品）で1年ごとに行われ、2026年10月1日から2027年9月30日までの指定が2026年9月25日に告示されています。寄附の前に、寄附先が指定団体の一覧にあるかを確かめてください。

出典：総務省 ふるさと納税に係る指定制度について（3つの基準・指定対象外は特例控除の対象外・6月1日以後の寄附に適用）、総務省 報道資料 2026年9月25日 ふるさと納税指定制度に係る総務大臣の指定（2026年10月1日〜2027年9月30日の指定）、総務省 報道資料 2025年9月26日 ふるさと納税の対象となる地方団体の指定の取消し（4団体・9月30日施行）、総務省 通知「ふるさと納税に係る指定制度の運用について」（2026年6月26日）（取り消された団体が申出できる時期）、総務省「ふるさと納税について（指定基準に係る告示改正）」（2026年3月24日）（過去の指定取消し事例。須坂市・吉備中央町は2025年6月17日）。2つは2026年10月13日に確認。数値例は所得税率20%で当サイトが試算。2026年10月5日に確認。