ふるさと納税と住宅ローン控除は併用できる？1年目の手続きと、自己負担が2,000円を超えるケース
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ふるさと納税と住宅ローン控除は併用できます。住宅ローン控除の1年目は確定申告が必要なので、その年のふるさと納税も確定申告に含めます（ワンストップ特例は使えません）。2年目以降に年末調整で住宅ローン控除を受ける会社員は、ワンストップ特例も使えます。
住宅ローン控除があるだけで、ふるさと納税の上限額が下がるわけではありません。ただし、確定申告でふるさと納税を申告する年に、住宅ローン控除を所得税から引ききれず、住民税で引ける上限も超えている人は、自己負担が2,000円を超えることがあります。この記事では、国税庁・総務省の案内と地方税法の条文で確かめた内容で、手続きと計算例を整理します。記載の内容は2026年9月27日に確認したものです。
1年目と2年目以降の手続き
年 | 住宅ローン控除 | ふるさと納税 |
|---|---|---|
1年目 | 確定申告が必要 | 確定申告に含める（ワンストップ特例は使えない） |
2年目以降（会社員） | 年末調整で受けられる | ワンストップ特例か確定申告を選べる |
国税庁 No.1211-1 は、住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）を受ける最初の年分は確定申告書の提出が必要で、給与所得者は2年目以後の年分を年末調整で受けられるとしています。
1年目にワンストップ特例の申請書を出していても、確定申告をするとワンストップ特例は適用されません（総務省）。確定申告書に、その年のふるさと納税の寄附をすべて書きます。2年目以降も、医療費控除を受けるなど、ほかの理由で確定申告をする年は同じです。
2つの控除のかかり方
税 | ふるさと納税 | 住宅ローン控除 |
|---|---|---|
所得税 | 寄附金控除（所得控除）で所得税が下がる。ワンストップ特例なら所得税からは引かない | 所得税額から直接引く（税額控除） |
住民税 | 翌年度の住民税から基本分と特例分を引く。ワンストップ特例なら所得税の分も住民税から引く | 所得税から引ききれなかった分を、翌年度の住民税から引く（上限あり） |
住民税で引ける住宅ローン控除の上限は、前年分の所得税の課税総所得金額等の5%（97,500円まで）です。平成26年から令和3年までに入居し、特定取得・特別特定取得にあたる場合は7%（136,500円まで）です（総務省）。平成28年から令和7年までに入居した人は、この上限を計算するときに、所得税の基礎控除の額から48万円を引いた額を課税総所得金額等に足します（地方税法附則第5条の4）。住民税の住宅ローン控除を受けるための、市区町村への申告は要りません（総務省）。
ふるさと納税の控除の3つの内訳はふるさと納税の控除「基本分」と「特例分」の仕組みにまとめています。
住宅ローン控除があっても上限額は下がらない
自己負担2,000円で済むふるさと納税の上限は、住民税の特例分が住民税所得割額の2割を超えないかで決まります。この2割の計算に使う所得割額は、住民税の住宅ローン控除を引く前の額です（地方税法第37条の2第11項・第314条の7第11項）。住民税から住宅ローン控除を引いても、この2割の枠は小さくなりません。
自己負担が2,000円を超えることがあるのは、次の3つが重なる場合です。
- 確定申告でふるさと納税を申告する（住宅ローン控除の1年目は必ずこれになる）
- 住宅ローン控除を、所得税から引ききれていない
- 引ききれない額が、住民税で引ける上限を超えている
計算例
令和8年以降に入居し、所得税の住宅ローン控除の額が年21万円の人が、確定申告でふるさと納税を申告する場合です。所得税額は国税庁 No.2260 の速算表で計算し、表には復興特別所得税を含めていません。
例1：課税総所得金額等が300万円で、5万円を寄附（影響なし）
項目 | 寄附しない | 5万円を寄附 |
|---|---|---|
課税総所得金額等 | 3,000,000円 | 2,952,000円 |
所得税額（住宅ローン控除の前） | 202,500円 | 197,700円 |
所得税から引く住宅ローン控除 | 202,500円 | 197,700円 |
引ききれない額 | 7,500円 | 12,300円 |
住民税で引ける上限（5%、97,500円まで） | 97,500円 | 97,500円 |
住民税から引く住宅ローン控除 | 7,500円 | 12,300円 |
住宅ローン控除の合計 | 210,000円 | 210,000円 |
寄附金控除は48,000円（5万円−2,000円）です。住宅ローン控除の合計は21万円のままで、減りません。ふるさと納税で下がった所得税4,800円の分は、住民税から引く住宅ローン控除が4,800円増える形で受け取れます。
例2：課税総所得金額等が150万円で、3万円を寄附（影響あり）
項目 | 寄附しない | 3万円を寄附 |
|---|---|---|
課税総所得金額等 | 1,500,000円 | 1,472,000円 |
所得税額（住宅ローン控除の前） | 75,000円 | 73,600円 |
所得税から引く住宅ローン控除 | 75,000円 | 73,600円 |
引ききれない額 | 135,000円 | 136,400円 |
住民税で引ける上限（5%、97,500円まで） | 75,000円 | 73,600円 |
住民税から引く住宅ローン控除 | 75,000円 | 73,600円 |
住宅ローン控除の合計 | 150,000円 | 147,200円 |
この人は、寄附しなくても6万円の住宅ローン控除を引ききれていません。寄附すると、住宅ローン控除を引いたあとの所得税はどちらも0円なので、ふるさと納税の所得税の分（28,000円×5%＝1,400円）は税金を減らしません。さらに住民税で引ける上限が1,400円下がり、住民税から引く住宅ローン控除も1,400円減ります。住民税の基本分・特例分が通常どおり引かれるとすると、自己負担は2,000円ではなく約4,800円になります。
ふるさと納税の所得税の分は、復興特別所得税の税率を加えた率で計算します（総務省）。住宅ローン控除を引いたあとの所得税が0円の人は、この上乗せ分（例1で約100円）も税金を減らしません。例2の約4,800円は、この分を含めた額です。
ワンストップ特例を使うと、所得税からの控除は行われず、全額が翌年度の住民税から控除されます（総務省）。所得税が動かないので、住宅ローン控除への影響はなくなります。例2のような人は、2年目以降で、ほかに確定申告をする理由がなく寄附先が5団体以内なら、ワンストップ特例を使うとこの影響を受けません。
自分が当てはまるかの確かめ方
- 1年目：確定申告書で、住宅借入金等特別控除の額と、課税される所得金額に対する税額を比べます。控除の額のほうが大きければ、引ききれない分が住民税へ回ります
- 2年目以降：年末調整で控除しきれない額があると、源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除可能額」の欄に金額が書かれます（国税庁 法定調書の作成と提出の手引）
- 住民税の上限と比べる：引ききれない額が、課税総所得金額等の5%（97,500円まで）を超えていれば、確定申告でふるさと納税を申告する年は例2のような影響が出ます
具体的な計算は、お住まいの市区町村に問い合わせるよう総務省も案内しています。
上限額を調べるときは
上限額は、寄附した年の所得と控除で決まります。医療費控除などの所得控除が増えると上限額は下がります（上限額を下げる所得控除の一覧）。例2のような人は、確定申告で申告する年は、上限額の範囲内でも自己負担が2,000円を超えることを前提に金額を決めます。上限額の目安は、次のシミュレーションで確かめられます：さとふるの控除上限額シミュレーション
寄附先を探せるサイト
関連する記事
出典
- 国税庁 No.1211-1 住宅借入金等特別控除、No.2260 所得税の税率（令和8年4月1日現在法令等）、「住宅借入金等特別控除の額の内訳」欄（令和7年分 給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引）。2026年9月27日確認
- 総務省「個人住民税の住宅ローン控除がうけられる場合があります。」、「税金の控除について」、「ワンストップ特例を申請する皆様へ」。2026年9月27日確認
- 地方税法（e-Gov法令検索）：第37条の2第11項・第314条の7第11項（特例控除額の上限）、附則第5条の4（住民税の住宅ローン控除。対象の居住年を令和12年までとする改正は令和9年1月1日施行）。2026年9月27日確認
