会社員のふるさと納税のやり方｜年末調整ではできない理由と手続きの流れ
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会社員のふるさと納税は、年末調整では控除を受けられません。寄附金控除を受けるには、寄附金控除を記載した確定申告書を出す必要があります（国税庁）。ただし、確定申告の不要な給与所得者などで寄附先が5団体以内なら、ワンストップ特例を使えば確定申告をせずに控除を受けられます。どちらの場合も、勤務先に書類を出す必要はありません。
この記事では、年末調整との関係と、会社員の手続きの流れを、国税庁・総務省の案内で確かめた内容で整理します。記載の内容は2026年9月27日に確認したものです。
年末調整で受けられる控除・受けられない控除
控除 | 年末調整 | 手続き |
|---|---|---|
寄附金控除（ふるさと納税） | 受けられない | 確定申告。条件に合えばワンストップ特例 |
医療費控除 | 受けられない | 確定申告（医療費控除の明細書を添付） |
住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）の1年目 | 受けられない | 確定申告 |
住宅ローン控除の2年目以降 | 受けられる | 税務署から届く申告書と、金融機関の年末残高等証明書を勤務先に出す |
国税庁 No.1120（医療費控除）、No.1211-1（住宅借入金等特別控除）、「寄附金を支出したとき」によります。年末調整の書類に、ふるさと納税を書く欄はありません。
会社員が使える2つの方法
方法 | 使える人 | 期限・時期 |
|---|---|---|
ワンストップ特例 | 確定申告の不要な給与所得者などで、寄附先が5団体以内 | 寄附した翌年の1月10日までに、寄附先の自治体へ申請書を出す |
確定申告 | だれでも（寄附先の数に制限なし） | 還付申告なら翌年1月1日から5年間出せる（国税庁 No.2030） |
ワンストップ特例の条件と書類はワンストップ特例とは、確定申告のやり方は確定申告のやり方にまとめています。
会社員でも確定申告になる場合
- 寄附先が6団体以上になった
- 医療費控除を受ける
- 住宅ローン控除の1年目
- 給与以外の所得（副業など）が20万円を超える、または給与の収入が2,000万円を超える（国税庁 No.1900）
- ワンストップ特例の申請が1月10日に間に合わなかった
ワンストップ特例の申請を出したあとに確定申告をすると、ワンストップ特例は適用されません（総務省）。確定申告書に、その年のふるさと納税の寄附をすべて書きます。書き忘れたときの直し方はワンストップ特例が無効になる条件、会社員の確定申告は会社員がふるさと納税で確定申告する場合にまとめています。
年末調整の源泉徴収票は上限額の計算に使える
ふるさと納税の上限額は、寄附した年の所得と控除で決まります。年末調整のあとに受け取る源泉徴収票には、その年の給与の支払金額や所得控除の合計額が書かれているので、上限額を計算するときの材料になります。12月に寄附する場合は、年末調整の結果を見てから上限額を確かめ直すと、見込みとの差を小さくできます：さとふるの控除上限額シミュレーション
会社員の手続きの流れ
- 上限額を確かめる：給与の見込みと家族構成、ほかの控除で計算します（上限額の調べ方）
- 寄附を申し込む：寄附者は控除を受ける本人にし、住所は住民票の住所にします（ふるさと納税の名義に注意）。ワンストップ特例を使うなら、申請書の受け取り方や、オンラインで申請できるかを、寄附先の自治体やサイトの案内で確かめます
- 書類を手元に置く：寄附金受領証明書は、確定申告に切り替えることになった場合に使います
- 申請・申告する：ワンストップ特例は翌年1月10日までに寄附先へ、確定申告は税務署へ
- 控除を確かめる：翌年度の住民税の決定通知書で、寄附金税額控除が入っているかを見ます（控除が反映される時期）
ワンストップ特例の手続きの流れは、さとふるの案内でも確かめられます：ワンストップ特例の手続きの流れを見る
寄附先を探せるサイト
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出典
- 国税庁「寄附金を支出したとき」、No.1120 医療費控除、No.1211-1 住宅借入金等特別控除、No.1900 給与所得者で確定申告が必要な人、No.2030 還付申告（令和8年4月1日現在法令等）、「ふるさと納税をされた方へ」。2026年9月27日確認
- 総務省「ワンストップ特例を申請する皆様へ」。2026年9月27日確認
