ふるさと納税と医療費控除は併用できる？上限額の下がり方と確定申告の書き方
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ふるさと納税と医療費控除は、同じ年に両方受けられます。医療費控除は確定申告で受けるので、その年のふるさと納税も確定申告に含めます（ワンストップ特例は使えません）。また、医療費控除で住民税の所得割額が減るため、自己負担2,000円で済むふるさと納税の上限額は下がります。所得税の税率が10%の人なら、医療費控除10万円につき約2,500円が目安です。
この記事では、国税庁・総務省の案内で確かめた内容で、上限額の下がり方と手続きを整理します。記載の内容は2026年9月27日に確認したものです。
医療費控除の額の決まり方
項目 | 内容（国税庁 No.1120） |
|---|---|
計算式 | （その年に支払った医療費 − 保険金などで補てんされる金額）− 10万円。最高200万円 |
10万円の代わり | その年の総所得金額等が200万円未満の人は、総所得金額等の5% |
補てんされる金額の例 | 生命保険の入院費給付金、健康保険の高額療養費・家族療養費・出産育児一時金など |
セルフメディケーション税制 | 通常の医療費控除との選択。対象の医薬品の購入費のうち12,000円を超える部分（88,000円まで） |
ふるさと納税の上限額に関係するのは、この計算で出た「医療費控除の額」です。たとえば医療費が20万円で補てんがなければ、医療費控除の額は10万円です。
医療費控除の対象になる主なもの
- 医師・歯科医師による診療や治療の費用（健康診断の費用や医師への謝礼は原則として対象外）
- 治療や療養に必要な医薬品の購入費（ビタミン剤など病気の予防や健康増進のためのものは対象外）
- 病院・診療所などへの入院の費用
- あん摩マッサージ指圧師・はり師・きゅう師・柔道整復師による施術の費用（疲れを癒すなど治療に直接関係のないものは対象外）
- 通院の電車・バス代など、診療を受けるために直接必要な費用（公共交通機関が使えない場合を除きタクシー代は対象外。自家用車のガソリン代や駐車場代も対象外）
- 治療に直接必要な義手・義足・松葉杖・補聴器・義歯・眼鏡などの購入費
- おおむね6か月以上寝たきりで医師が必要と認めたおむつ代（医師の「おむつ使用証明書」が必要）
このほか、助産師による分べんの介助、介護保険の一定のサービスの自己負担額なども対象です（国税庁 No.1122）。医療費控除は所得控除なので、軽くなる税金はおおよそ「医療費控除の額×所得税の税率」（所得税）と「医療費控除の額×10%」（住民税）です。
上限額が下がる理由
総務省の説明では、ふるさと納税の控除は「所得税」「住民税の基本分」「住民税の特例分」の3つに分かれます。特例分が住民税所得割額の2割を超えると、3つを合わせても「寄附額−2,000円」の全額は控除されず、自己負担が2,000円を超えます。
医療費控除は所得控除なので、住民税の課税所得を減らし、所得割額も減らします。所得割額が減ると2割の枠も小さくなるので、上限額が下がります。税額から直接引く住宅ローン控除では、この2割の枠は小さくなりません（住宅ローン控除との併用）。
上限額の下がり方の目安
総務省の計算式から、上限額はおおよそ「住民税所得割額×20%÷（90%−所得税の税率×1.021）＋2,000円」になります（所得税の税率には復興特別所得税の分を加えます）。たとえば所得割額が20万円で所得税の税率が10%の人は約52,100円です。医療費控除10万円で所得割額が19万円になると約49,600円になり、約2,500円下がります。
住民税の所得割の税率が10%（標準税率）の場合、医療費控除の額ごとの下がり方は次のとおりです。
医療費控除の額 | 所得税の税率5% | 10% | 20% |
|---|---|---|---|
10万円 | 約2,400円 | 約2,500円 | 約2,900円 |
30万円 | 約7,100円 | 約7,500円 | 約8,600円 |
50万円 | 約11,800円 | 約12,500円 | 約14,400円 |
所得税の税率が高い人ほど、同じ医療費控除でも上限額の下がり方は大きくなります。医療費控除で所得税の税率が変わる場合や、調整控除の額が変わる場合は、この目安と違います。上限額は次のシミュレーションでも確かめられます：さとふるの控除上限額シミュレーション。医療費控除の額を入力できない計算方法では、上の表の分を差し引いて考えます。
ワンストップ特例は使えない
ワンストップ特例を使えるのは、確定申告の不要な給与所得者などで、寄附先が5団体以内の場合です（総務省）。医療費控除は確定申告書を出して受けるので（国税庁 No.1120）、医療費控除を受ける年はワンストップ特例の対象になりません。
すでにワンストップ特例の申請書を出していても、確定申告をするとワンストップ特例は適用されません（総務省）。確定申告書に、医療費控除とあわせて、その年のふるさと納税の寄附をすべて書きます。書き忘れたときの直し方はワンストップ特例が無効になる条件にまとめています。
確定申告で用意するもの
- 医療費控除の明細書：医療費の領収書から作ります。医療保険者から届く医療費通知を添付すると、明細書の記載を簡略化できます（国税庁 No.1120）
- 医療費の領収書：添付はしませんが、確定申告期限等から5年を経過する日まで、提示や提出を求められることがあります（医療費通知を添付したものを除く。国税庁 No.1120）
- ふるさと納税の証明書：自治体の寄附金受領証明書か、特定事業者（ポータルサイトの運営会社など）が発行する「寄附金控除に関する証明書」（国税庁）
- 給与所得の源泉徴収票：添付は要りませんが、申告書を作るときに使います（国税庁 No.1120）
税金が戻る申告（還付申告）なら、翌年1月1日から5年間出せます（国税庁 No.2030）。
上限額を超えて寄附していた場合
医療費控除で上限額が下がり、寄附が上限額を超えていた場合でも、所得税からの控除と住民税の基本分は計算式どおり受けられます。住民税の特例分が所得割額の2割で止まるので、その分だけ自己負担が2,000円を超えます（総務省）。自己負担の考え方は上限額を超えたらどうなる？にまとめています。
寄附先を探せるサイト
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出典
- 国税庁 No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）、No.1122 医療費控除の対象となる医療費、No.2030 還付申告（令和8年4月1日現在法令等）、「ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書等について」。2026年9月27日確認
- 総務省「税金の控除について」、「ワンストップ特例を申請する皆様へ」。2026年9月27日確認
