ワンストップ特例が無効になる条件｜確定申告をしたら寄附も書く・書き忘れたときの直し方

ワンストップ特例を申請したあとに、医療費控除の申告などのため確定申告や住民税の申告をすると、ワンストップ特例は適用されません。確定申告をする理由は問いません。その場合は、確定申告書にふるさと納税の寄附金をすべて書きます。書き忘れたときは、申告期限までなら申告書を出し直し、期限を過ぎていたら更正の請求（法定申告期限から原則5年以内）で直せます。

この記事では、総務省・国税庁の案内と地方税法で確かめた内容を整理します。記載の内容は2026年9月27日に確認したものです。

ワンストップ特例が適用されない3つの場合

総務省は、ワンストップ特例が適用されなくなった人が寄附金控除を受けるには、確定申告でふるさと納税の寄附金を申告する必要があるとしています。住所の変更の届出は、地方税法附則第7条で決められています。条件の全体はワンストップ特例とはにまとめています。

確定申告をするときに書くもの

• ふるさと納税の寄附金：ワンストップ特例を申請した寄附も含めて、その年の寄附をすべて書きます。寄附金受領証明書か、ポータルサイトが発行する「寄附金控除に関する証明書」を使います（国税庁）
• 医療費控除：医療費の領収書から「医療費控除の明細書」を作り、確定申告書に付けます。医療保険者から届いた医療費通知を付けると、明細書の記載を簡単にできます（国税庁 No.1120）

医療費の領収書は、確定申告期限などから5年を過ぎる日まで、提示や提出を求められることがあります（医療費通知を付けたものを除く。国税庁 No.1120）。証明書の使い方は寄附金控除に関する証明書（XML）をe-Taxで使う方法、確定申告の流れは確定申告のやり方にまとめています。

寄附を書き忘れたときの直し方

更正の請求が正しいと認められると、減額の更正が行われ、納めすぎた税金が還付されます（国税庁）。住民税の控除がどうなるかは、お住まいの市区町村に確かめます。

医療費控除を受けると上限額は下がる

医療費控除は所得控除なので、住民税の課税所得が減り、ふるさと納税の上限額も下がります。医療費控除が10万円の場合の目安は次のとおりです（住民税の税率10%、所得税の税率の区分が変わらない場合）。

上限額が下がる幅は、2,000円÷（90%−所得税の税率×1.021）で計算しています。医療費控除の額は、支払った医療費から保険金などで補てんされる額を引き、さらに10万円（総所得金額等が200万円未満の人は総所得金額等の5%）を引いた額で、最高200万円です（国税庁 No.1120）。詳しくは医療費控除との併用にまとめています。

医療費控除を受ける予定がある年は

1. 医療費控除の額を見込んで、上限額を計算し直します：さとふるの控除上限額シミュレーション
2. 確定申告をすることになるので、ふるさと納税の寄附も確定申告で申告します。ワンストップ特例の申請書を出していても、寄附はすべて確定申告書に書きます
3. 翌年度の住民税の決定通知書で、寄附金税額控除が入っているかを確かめます

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出典

• 総務省「ワンストップ特例を申請する皆様へ」。2026年9月27日確認
• 国税庁「申告が間違っていた場合」、No.2026 確定申告を間違えたとき、No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）（令和8年4月1日現在法令等）、「ふるさと納税に係る寄附金控除に関する証明書等について」。2026年9月27日確認
• 地方税法（e-Gov法令検索）：第37条の2、附則第5条の6、附則第7条。2026年9月27日確認

本記事は税の仕組みを整理したものです。実際の税額は、お住まいの市区町村の住民税決定通知書や窓口、税務署で確認してください。